Murat-pašina džamija nalazi se u samom središtu Staroj Skopskoj čaršiji u Skoplju, u blizini Čifte amama. Prema natpisu na mramornoj ploči iznad ulaznih vrata u Murat-pašinoj džamiji na arapskom je objašnjeno da je sagrađena oko 1802. i 1803. godine, nakon što je prije toga izgorjela u požaru 1689. godine.
Provedena su istraživanja koja potvrđuju da je na istom mjestu postojala starija građevina iz koje su pronađeni ostaci. Zadnji put Murat-pašina džamija obnovljena je krajem 20. stoljeća od strane skopskog muftije. Obnova je obavljena u suradnji s Zavodom za zaštitu spomenika kulture Republike Makedonije. Osim minareta, džamija je relativno nova zgrada. Pripada otomanskom baroknom stilu, koristeći neoklasične islamske elemente. Zgrada je četvrtastog oblika i prekrivena krovom na četiriju voda.
Uz glavni ulaz nalazi se ulaz na sjevernoj strani. Unutrašnjost džamije sadrži drveni tapiserij, kao i galeriju (mahvil), mahrib i govornicu (mimber). Smatraju se prepoznatljivim elementima otomanske barokne arhitekture. U dvorištu džamije nalazi se šadrvan sagrađen 1937. godine. Tu su i ostaci groblja, tj. tri nadgrobna spomenika, iz 1741. i 1790. godine, dok je za treći teško odrediti datum.